我院病理科成立于1964年，科室目前诊断医师6人，技术人员6人，硕士生6名。近年来，科室派多人次赴北京协和医院、复旦大学附属妇产科医院、北京大学肿瘤医院、中国人民解放军总医院（301医院）、四川大学华西医院等进修学习，2014年度1人赴德国乌尔姆大学附属klinikum  Kempten病理中心进修交流，目前已经形成了高、中、初级人员齐备、业务水平过硬的整体队伍。

科室目前开展常规病理诊断、宫颈液基细胞学检查、术中快速冰冻病理诊断、免疫组织化学诊断、分子病理诊断、围产期新生儿尸体解剖等。其中，宫颈液基细胞学诊断及妇产科病理诊断是本中心特色项目，对早期宫颈癌及癌前病变的检出和预防具有重要临床意义。

目前科室由本部、东区和西区三个区域组成，拥有网络化的实验流程及质量控制系统，西区病理中心配备先进病理排风系统及现代化的实验室仪器和设备，打造安徽省妇幼系统宫颈癌筛查人工智能实验室及分子病理实验室，启用后将满足西区临床及患者的各项病理服务。

近年来，本科人员参编和参译专业书籍多部，如《细胞病理诊断图谱及实验技术》、《实用妇科细胞学教程》、《Blaustein女性生殖道病理学》，并在《中华病理学杂志》、《临床与实验病理学杂志》、《诊断病理学杂志》等北大中文核心期刊发表论文二十余篇，SCI收录期刊2篇。